Сборник «Научные записки природного заповедника «Мыс Мартьян» публикует монографии, статьи и краткие сообщения по общим вопросам заповедного дела и результаты научных исследований в заповедниках и других охраняемых природных территориях и акваториях Крыма, а также сопредельных регионов. В сборнике публикуются материалы по всем проблемам биологии и по ее разделам: ботанике, микологии, зоологии, микробиологии. В частности, материалы по общим вопросам: видовое разнообразие, общая экология и эволюция растений и животных и т.п.; флористика и фаунистика, систематика и синтаксономия; экология; миграция и поведение животных; охрана и изучение редких видов растений и животных, описание и обоснование важных для них территорий; морфология; методы и методики исследований; краткие сообщения; флористические и фаунистические заметки, аннотированные списки; персоналии и рецензии, а также статьи, представляющие общие интересы.

Для участия в сборнике приглашаются сотрудники заповедников и специалисты, занимающиеся вопросами охраны природы и сохранения биоразнообразия.